As atividades do Zoneamento Ecológico-Econômico do Estado do Maranhão (ZEE/MA) foram iniciadas em 1991, por meio da Secretaria de Meio Ambiente do Estado (SEMA). Em 1992, a SEMA formalizou convênio com a Universidade Estadual do Maranhão (UEMA) para a realização do ZEE/MA. A capacitação técnica da equipe da UEMA foi realizada em parceria com o Instituto Nacional de Pesquisa Espacial (INPE).

Em 1993, a UEMA, em parceria com o INPE, deu continuidade aos treinamentos. Naquele ano, começaram os trabalhos de mapeamento do meio físico da Zona Sul do Estado do Maranhão que resultou no documento: “Diagnóstico Geoambiental e Socioeconômico da Zona Sul do Estado do Maranhão” (1994). Em 1998, com o encerramento do convênio SEMA/UEMA, as atividades específicas do ZEE/MA foram reduzidas.

O Zoneamento Ecológico-Econômico (ZEE/MA) prosseguiu, em 1995, resultante de um convênio firmado entre a Secretaria de Assuntos Estratégicos da Presidência da República (SAE/PR) e a Secretaria de Estado do Meio Ambiente (SEMA). Contudo, nesta fase, foram realizados somente estudos iniciais.

Em 1998, no âmbito do Programa Piloto de Proteção às Florestas Tropicais do Brasil (PPG7), um novo convênio foi firmado com o Governo do Maranhão para testar a metodologia de Zoneamento Ambiental, sugerida pelo Ministério de Meio Ambiente (MMA).

Em 2000, o Governo do Estado do Maranhão, por meio da Gerência de Planejamento e Desenvolvimento Econômico (GEPLAN), tomou a iniciativa de contratar a Embrapa Monitoramento por Satélite para executar a primeira etapa do Zoneamento Ecológico-Econômico do Estado do Maranhão (ZEE/MA), na escala de 1:250.000. No entanto, o ZEE/MA não foi concluído, uma vez que não contemplou as diretrizes estabelecidas pelo Ministério do Meio Ambiente e definidas pelo Consórcio ZEE Brasil.

Assim sendo, em 2002, a Embrapa entregou ao Governo do Estado os produtos contratados referentes ao ZEE/MA na escala de 1:250.000, os quais foram disponibilizados no site: www.zee.ma.gov.br para acesso público sob a coordenação da GEPLAN, que estruturou uma sala de situação e uma mapoteca do ZEE/MA.

Somente em 2005, por decisão da Secretaria de Estado de Planejamento, Orçamento e Gestão (SEPLAN), foi incluído, no PPA (2004 – 2007), o Programa de Planejamento e Gestão Territorial (PPGT), com a ação de coordenação executada pela própria SEPLAN e outras duas ações executadas pela UEMA e pela SEMA. Nesta época, com a parceria entre o MMA e o Governo do Estado, o Maranhão retoma as discussões sobre o ZEE/MA como política de governo, seguindo as diretrizes metodológicas do Ministério de Meio Ambiente e do Consórcio ZEE Brasil.

Em 2008, em virtude da existência de vários produtos do ZEE/MA, o Governo do Estado solicitou ao Ministério de Meio Ambiente (MMA), órgão federal coordenador do ZEE Brasil, uma missão ao Maranhão para discutir a situação do ZEE/MA, com o objetivo de que os trabalhos fossem retomados com base nas Diretrizes Metodológicas estabelecidas pelo MMA.

Sob a orientação do MMA, foi efetuado um levantamento técnico das informações produzidas no estado pelos órgãos setoriais para subsidiar a retomada do ZEE/MA.

Após o levantamento de todo o material cartográfico existente e outras informações setoriais afins, o Governo do Estado instituiu, por meio do Decreto n.º 24.256, de 01 de julho de 2008, a Comissão Estadual do Zoneamento Ecológico-Econômico do Estado do Maranhão (CEZEE/MA), sob a coordenação da Secretaria de Estado do Meio Ambiente e Recursos Naturais (SEMA).

Com o apoio do MMA e do Consórcio ZEE BRASIL, foi formado um Grupo de Trabalho multi-institucional estadual para ser capacitado em técnicas de cenários e elaboração das estratégias do ZEE Estadual. Este Grupo de Trabalho foi responsável pela fase inicial da elaboração do MACROZEE do Maranhão, na escala de 1:1.000.000 no que diz respeito à coleta de informações existentes.

Ainda em 2009, a fase inicial do MACROZEE/MA foi prevista para um prazo de três meses, conforme estratégias construídas durante o IV Módulo do Curso de Cenários, realizado no período de 9 a 12 de fevereiro de 2009.

A partir de abril de 2009, houve novamente alteração no processo de elaboração do ZEE do Maranhão, passando à Secretaria de Estado do Planejamento e Orçamento (SEPLAN) a função de coordená-lo. Foram retomadas as negociações para a celebração de um convênio entre o Governo do Estado e o MMA para a conclusão do MACROZEE na escala de 1:1.000.000.

Entre 2010 e 2013, pela necessidade de concluir o processo de elaboração do MacroZEE, a Secretaria de Estado do Planejamento e Orçamento (SEPLAN) deu início às negociações com a Embrapa que culminou em sua contratação em fevereiro de 2013. Este esforço visava dar cumprimento à determinação da Lei Federal n.º 12.651, de 25 de maio de 2012 (novo Código Florestal), que estabeleceu um prazo de cinco anos, a partir da data de sua publicação, para que todos os estados elaborassem e aprovassem seus ZEEs segundo metodologia unificada, estabelecida em norma federal.

O Maranhão concluiu o ZEE na escala de 1:1.000.000 (MACROZEE/MA) em 2014, processo este que representa apenas uma etapa para se obter o ZEE em uma escala compatível com o planejamento desejado de 1:250.000. Este instrumento, submetido no início de 2015 à Assembleia Legislativa do Estado, foi institucionalizado por meio da Lei n.º 10.316, de 17 de setembro de 2015.

Em seguida, o MacroZEE foi submetido à Comissão Coordenadora do ZEE – CCZEE – do Ministério de Meio Ambiente para reconhecimento pelo Governo Federal em 25 de novembro de 2015, dando assim cumprimento aos dispositivos previstos na Lei 12.651, de 25 de maio de 2012 – Código Florestal.

No momento seguinte, o Governo do Maranhão objetiva elaborar o ZEE mais detalhado, como instrumento de orientação para a formulação e espacialização das políticas públicas de desenvolvimento socioprodutivo e ambiental, de modo a produzir o ordenamento territorial e servir para as tomadas de decisões de investimento dos agentes privados. Para isso, o Zoneamento Ecológico-Econômico (ZEE/MA), na escala de 1:250.000, foi incluído no Plano Plurianual 2016-2019, com recursos orçamentários assegurados em 2016.

Por decisão governamental, a elaboração do ZEE se deu por etapas, a primeira com o Bioma Amazônico e, na sequência, com o Bioma Cerrado e Sistema Costeiro do Maranhão, conforme mapas de Biomas e Sistema Costeiro-Marinho disponibilizados pelo Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE). Na fase de planejamento das atividades de elaboração de cada uma das etapas do ZEE/MA, foram celebrados convênios com a Universidade Estadual do Maranhão, ocasião em que coube ao IMESC, na condição de concedente, o processo de coordenação dos trabalhos e à UEMA, na condição de convenente, a execução das atividades do ZEE em conformidade com o plano de trabalho e com as diretrizes metodológicas do Consórcio ZEE Brasil. Os trabalhos técnicos da primeira etapa foram concluídos em 2019, culminando na Lei Estadual n.º 11.269, de 28 de maio de 2020, e os trabalhos da segunda etapa foram concluídos em 2020, os quais deram origem à Lei Estadual n.º 11.734, de 26 de maio de 2022.

Apesar de a elaboração do ZEE/MA na escala de 1:250.000 ter sido realizada em duas etapas, os resultados dos trabalhos formam um conjunto de informações e bases cartográficas de um mesmo ZEE. Em 2024, iniciou-se o processo de unificação, aprimoramento das bases cartográficas e monitoramento do painel de indicadores do Maranhão. Essas etapas encontram-se em andamento.